8月6日讯 1997年2月唐-尼尔森被独行侠当时的老板小罗斯-佩罗特聘请为球队的总经理。1997-1998赛季比赛打了16场之后，独行侠的战绩为4胜12负，老尼尔森解雇了当时的主教练吉姆-克莱蒙森，自己出任独行侠的主教练。但是独行侠的战绩没有得到多大的改善，该赛季独行侠的战绩20胜62负排在西部第十。
在1998年的选秀大会上，唐-尼尔森在首轮第七顺位选中了罗伯特-泰勒，随后将其交易至雄鹿换来了帕特-加里蒂和德克-诺维茨基。同时将帕特-加里蒂，马丁-穆尔塞普，布巴-威尔斯和1999年首轮选秀权交易到太阳得到史蒂夫-纳什。
在老尼尔森的培养下，德克-诺维茨基和史蒂夫-纳什进步飞快，在2000-2004这四个赛季里，独行侠赛季胜场数均超过了50次。诺维茨基和纳什、芬利也被称之为“三剑客”。
库班在2000年的时候以8500万美元的价格买下了独行侠，由于独行侠当时的处境并不好，因此担任主帅和总经理的老尼尔森一度担心自己和整个教练组会被新老板炒鱿鱼。老尼尔森和库班两人一开始的相处并不是很愉快。
在2003年的时候，库班和老尼尔森爆发了一次很大的冲突。当时独行侠在老尼尔森的带领下打进了西部决赛。诺维茨基在西部决赛G3中受伤，G4缺席。到了G5的时候，独行侠以1-3落后，独行侠的队医认为诺维茨基可以上场比赛，但是老尼尔森坚决拒绝。甚至于诺维茨基主动要求上场，库班到老尼尔森的办公室去找他要求让诺维茨基上场，老尼尔森都拒绝了。库班也气得摔门而出。当时老尼尔森表示，是他把诺维茨基从德国带到NBA的，他有责任为他的整个生涯负责，而且诺维茨基那么年轻就打进了西部决赛，以后肯定可以得到总冠军。最后诺维茨基在2003年的西部决赛再也没有上场过。独行侠也大比分2-4被马刺淘汰。
在这件事情过后，库班开始有意的削弱老尼尔森在独行侠的权力。在2003年夏天老尼尔森降薪和独行侠以3年1530万美元的合同续约。但是他最关心的是想得到当年佩罗特做老板时候同意延期支付的600万美元补偿金，最终双方妥协。
到了2004年夏天，纳什成为自由球员，老尼尔森建议库班给纳什一份4年年薪1000万美元的合同，但是库班只愿意给纳什一份前四年年薪900万，第五年部分保障的合同。最终纳什以6年6500万美元的合同签约了太阳。纳什的离去让老尼尔森觉得自己受到了针对，并且表示纳什走了，独行侠已经不可能拿到总冠军。老尼尔森和库班已经达到了水火不容的地步，他也开始考察自己的接班人。
在2005年3月，老尼尔森辞去了独行侠主教练的职务，将教鞭给了他的弟子艾弗里-约翰逊。同时他也辞去了总经理的职务，由他儿子小尼尔森担任总经理。
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